В центре событий – маленькая девчонка по имени Йоцуба Кокоро. Она учится в пятом классе и очень часто ездит к своей бабушке, чья сказанная ранее фраза не оставляет школьницу ни на минуту. Родственница поведала ей, что у всего есть душа. Даже у ее книг и игрушек, без которых Йоцуба не может представить своей жизни.
Однажды, как будто в подтверждение слов бабушки, девочка стала свидетельницей очень странных событий: прямо из ее любимых карандашей на свет появилось чудаковатое существо по имени Ракитама. Как оказалось позже, этот зверек – могущественный кокотама, который в будущем станет еще одним богом. Теперь, зная о таком секрете, Кокоро просто обязана держать рождение нового божества в тайне, дабы не нарушать вселенское равновесие…
