Действие сюжета происходит спустя 8 лет с момента событий Макросс Фронтир. Человеческий вид находится на грани исчезновения. Из-за этого людям пришлось обратиться за помощью к Космосу и присоединиться к другим видам. Так появилась гигантская межзвездная империя, в которой сосуществуют разные народы. Но теперь над ними нависла угроза. На планете Аль-Шалах буйствует малоизвестная болезнь под названием Вар.
Её симптомы - это проявление ярости и насилия. Обычные методы борьбы бессильны, и на помощь приходит музыка. Чтобы победить болезнь, была создана группа «Валькирия», мелодия которой может противостоять вирусу. Её участники отправляются расследовать и противостоять распространению болезни.
